1642年，格鲁派在蒙古和硕特部固始汗的支持下推翻第悉藏巴政权，建立以五世达赖为首的甘丹颇章政权。“五部僧人”继续请求西藏进攻不丹。甘丹颇章政权派蒙藏联军于1644年、1648年两征不丹，同样都以失败告终，不丹的独立进一步巩固。
然后，这位大师晚年就此圆寂了。1651年，阿旺南杰闭关修行，三个月后圆寂。据五世达赖所说，他在第二次征讨不丹失利后，部队展开针对不丹的镇伏法事，并于1650年在帕里山上设置能使不丹内乱的风轮。没过多久，阿旺南杰就在曲参喀地方病倒或中毒，被抬到普纳卡后死亡。
为了避免混乱，阿旺南杰的翁则（领诵师）丹增竹结宣布阿旺南杰决定长期闭关静修，秘不发丧，直到1707年才正式宣布其圆寂的消息。他圆寂以后，不丹进入了世俗集团领袖德布王（竹第悉）与僧侣集团领袖达玛王（杰堪布）二元体制的时期，夏仲·阿旺南杰的转世则划分为身、语、意三个系统，此后的历辈夏仲活佛均为名义上的政教领袖，不再享有阿旺南杰那样的权威。
他的政治举措帮了不丹一把，死命的将他们向前推进了一大步。阿旺南杰首次统一了不丹，因此被认为是不丹国家的缔造者。他建立了政教合一的统治体系，自己以“夏仲”之名，成为不丹最高政教领袖，刻制“阿觉楚玛”（nga bcu-drug-ma，即“我的十六种身份”之意）印，作为不丹国家权力的象征。1650年，他按照西藏制度，设立第巴（又译第悉、第司，清代一般称布鲁克巴第巴为“德布王”）来代理自己管理世俗事务。1620年，阿旺南杰在重建佳日寺时，将追随他的30名僧人组成名为“札仓”的集团，成为不丹的权力核心，并营建廷布扎西曲宗宫和普纳卡邦塘德钦颇章，分别作为“札仓”的冬宫和夏宫，形成了不丹的两都体系。
阿旺南杰还以佛教“十善法”和吐蕃时代的“十六法”为基础，编纂法典《嘉佑钦波》，并沿袭西藏制度，在要地设立“宗”，每宗任命宗本进行管理，形成以“宗”为中心的形成体系，并将不丹划为以帕罗宗为中心的西部、以达噶宗为中心的中部和以终萨宗为中心的东部，这三地由“吉喇本洛”（僧人总管，后通称本洛，又译奔洛或琫洛）进行管理。
后来，历史评价夏仲·阿旺南杰的后面几代的继任者中佼佼者也不少，沙布东一世顺应历史潮流，促进了不丹社会生产力的发展。特别是在6次抵抗中国西藏和蒙古的战争中不畏强敌，英勇顽强，使不丹的独立地位得以巩固。沙布东一世时期，是不丹历史上较辉煌的时期。
介绍不丹完。
