但地形不熟加上丛林作战，王正福部中了达悟族的埋伏，苦战不敌被击溃。
等逃出树林后，王正福收拢残兵，发现只剩下了二百多人，近半个协的士兵被永远留在了树林之中。
郑克臧知道此事后震怒，再次下令调集大军登岛进攻,最终将达悟番社尽数剿灭，夺回了战马，将红头屿彻底变为了明郑的养马场。
郑克臧本想借此事警告岛内诸番社，故而并未封锁消息，反而将此消息透露给了各地屯垦点交界处的平埔番社。
没想到这事激起了这些番社兔死狐悲的情绪，引发了对方的过激反应。
岛内瞬间不再安宁，岛屿北侧的屯垦点屡屡受到生番袭击，虽然大多数袭击被驻军击退。
但还是有几次突袭让生番得手，造成了移民的伤亡，一时间开垦的移民们人心惶惶，严重阻碍了开垦进程。
在柯平的一力建议下，郑克臧同意了对岛屿西侧平原的平铺生番开展征伐。
他特意从琼州将擅长丛林作战的黎忠镇调来东宁，配合陆师大军征讨生番。
随着从鸡笼和天兴州出发的陆师大军一南一北两面夹击，边界各番社遭遇了沉重打击，纷纷向更深处的大肚番国逃去。
大肚番王得到东宁大举进军的消息后，立马召集土番军队分赴南北抵抗。
北边的大军由番王的叔父亲自率领以抵御北军都督何祐率领的北军，双方在如今的新竹县南部展开了决战。
这位番王王叔还是懂一点兵法的，一轮交战下，他带领手下番兵佯败撤退，生番部队迷信丛林作战，对方边战边退希望将明郑军队引入树林中包围剿灭。
但何祐并未如敌所愿，他直接下令手下士卒放火烧林，引起了大范围的林火，面对熊熊烈火，撤退变成了溃逃，无数生番在大火中被烧死，番王王叔率领剩下的残部惊慌失措地退回了番国腹地。
大火持续了数日，最后将这一片的树林全部烧完后才逐渐熄灭。
郑克臧知道这事后心疼坏了，这可都是木材啊，如今全被当成了柴火，但这事你也不能怪何祐，他特意下令前线各军严禁放火烧林，并私信何祐不许再犯。
如果说郑克臧是心疼的话，大肚番王就是惊慌了，他没想到何祐居然这么狠毒，一言不合就放火烧林。
番王并不知道郑克臧已下令严禁放火，北部战事的失败让他吸取了教训，他命令南部的番军绕开树林，择机在平地与明郑军队作战。
在平地与装备精良的明郑军队作战，番军除了败退还是败退，一直被明郑军队追赶至番国腹地后，番王才回过神来。
但此时南北两部明军已成功会师，大肚番国内的许多番社纷纷投降，只剩下番王仍带领着十几个死忠的番社仍在顽抗，但难改大局。
坚持顽抗近一个月后，大肚番王被手下合谋杀死，残部投降了东宁。
此役彻底除名番社三十一个，七十五个番社只剩老幼，完整投降的番社有六十八个，明郑军队伤亡战士总计一千七百余人。
至此西侧平原的平埔番社被尽数拔除，鸡笼至承天府的陆路通道由此打通。
而让郑克臧意外的是，在大肚番国内发现已有开垦好的良田近三万亩，郑克臧安排最先投降的番社挨个登记户籍，造印田册，继续耕种此处土地。
其余战俘则尽皆贬为番奴，开始了他们的第一份工作，修筑承天府至鸡笼的官道。
