李世民很快组建了天策府，萧恒作为他的心腹自然也加入了天策府，与杜如晦、房玄龄、李靖、尉迟敬德、程知节、侯君集、秦琼、长孙无忌、柴绍、罗士信、史万宝、李积、刘弘基等跟从李世民，成为李世民的第一批班底。
在长安的一段时间内，李世民专心一意读经史子集，开文学馆以接待四方才学之士。
萧恒每天上班的地方也从军营搬到了天策府，他也不再担任军医了，但他的两本书却在军中广为流传，为此李渊又大大的赏了他一笔。
其中包括给了他一座在长安的房子。
萧恒没有时间花精力花功夫去改造他的房子，只能将就着住着，心想什么时候装两块玻璃作为窗户。
萧恒又帮着李世民招揽文人墨客，在李世民开的文学馆中为他干活，久而久之，萧恒也习惯了古人的知乎者也，而且毛笔字写的也不烂了。
于是李世民就将他留在文学馆中工作，顺便让他继续搞发明。
不久，窦建德旧将刘黑闼举兵造反，占据洺州。
十二月，李世民率领大军讨伐刘黑闼，只是这一次没带上萧恒。
知道历史结果的萧恒根本不担心，他直接找到李世民并对他说：“秦王，我知道有一种亩产量很高的稻种在南方，叫做占城稻，而且我也知道一种可以用来抵御寒冷的农作物，效果非常好，叫做棉花。我现在需要你派人去找这两种东西，这种东西在很遥远的南方，需要大量精力去找，一旦找到，这两种东西必能成为大唐的祥瑞。”
李世民听到后，话不多说，直接派了三只数十人的精锐小队，南下去寻找棉花和占城稻了。
