有研究者通过对某省法院的员额法官遴选机制进行研究后认为，其中存在遴选政策的地方化、差异化；遴选指标指向不一致；民主测评方案的非充分性以及遴选程序头重脚轻等问题。此外，法院领导稳定入额占据员额所引发的问题同样值得关注。
“由于缺乏客观的员额法官选任与评价机制，就可能造成员额制的异化。法院的领导几乎都能入额。这部分领导大多数属于资深法官和审判委员会组成人员，总体上具有较高的业务素质和办案能力，符合入额条件，但他们入了额，由于没有常态性的办案安排，且目前也没有明确刚性的考核指标，通常并不会实际办案或者实际办案量较少，如此，又会加重进入员额内的一线办案法官和司法辅助人员的办案工作量。”
四、绩效考核制度不尽合理。司法绩效考评制度是对法官、检察官绩效予以评价的制度，是确保办案质量效率、实现司法公正的重要保障机制。绩效考评制度作为针对法官、检察官包括办案业绩在内的工作情况进行评价的制度，能够对法官、检察官的工作行为进行积极的引导和约束，起到促进办案人员自我审视、自我提升的作用。
目前，这一制度的运作情况并不尽如人意。有研究者分析得出了司法绩效考核制度中存在的四大矛盾：司法绩效考核存在“绩效中心”与“岗位中心”的矛盾、“工作量标准”与“质量、效果标准”的矛盾、关于贯彻司法责任制去行政化与业绩考核行政主导的矛盾、考核精细化与简便易行的矛盾。还有研究者针对法官绩效考核制度指出，“当前的法官绩效评价制度存在模式多样、评价指标针对性不强、运作机制不完善等问题，导致绩效考评制度的目的不能有效实现。”
五、法官助理、检察官助理处境尴尬。员额制改革实现法官队伍的精英化，但因员额总数固定，在员额已满后，只有在有员额法官退出时方会有填补空缺，这便导致法官助理的上升空间相当狭窄。法官助理入额不仅要达到一定工作年限，还要经过激烈竞争方能入额，大大增加了其职业发展的不确定性。
有研究者通过对某基层法院调研得出结论，在理想情况下，该院法官助理最快晋升员额法官的期限是七年，要求是表现非常优秀突出，并要在入额考试中战胜其他法官助理与未入额法官。因此，在大部分法官助理看来，进入员额遥遥无期。
上述情况并非个例，还有研究者通过对检察官助理工作现状进行分析后认为，“现今，从各地改革实践来看，较之于检察官员额的遴选、晋升、待遇保障等问题，助理人员法律定位与发展通道不明晰，定级套改的启动与频次明显滞后，影响了助理人员的工作积极性。”此外，曾经还有部分临时聘用的法官助理，其处境则更为尴尬。“另外，还有作为临时聘用法官助理、书记员、法警，不是公务员，不在行政编制内，更不在中央政法编制内，收入微薄，职业发展预期颇为暗淡。”
六、员额制导致司法职业的吸引力有所下降。司法事业关乎正义公平，理应吸引最优秀的法科学生。员额制要求基层入额、逐级遴选，这导致一个法科硕士、博士通过公开考试进入司法系统后，本已到了成家立业的年龄，但由于何时入额、何地入额并不确定，导致其婚姻家庭规划也陷于不确定性之中，事业和个人生活的预期也难以明朗，于是司法职业的选择并不成为其最优先的选择。
凡是由人设计的制度不可能尽善尽美，员额制改革不可能一蹴而就，改革出现的问题只能用改革的办法来处理。期待随着司法员额制实践的不断展开，员额制能够不断定型和成熟！
