枪击林肯后，凶手布斯开始逃亡，希望自己能逃到南方去，在他的想象里，他在南方会因为刺杀总统被当做英雄。布斯在维吉尼亚州遇到前邦联骑兵杰特，杰特帮助布斯和他的同伙藏匿到一个农场，但谁知农场主并不信任这些陌生人，不仅叫布斯和他的同谋睡在谷仓里，还因为怕布斯他们会偷走自己的牛而将谷仓门反锁，4月26号，刺杀发生后的第十二天，搜捕队的警察从杰特那里问到了布斯的下落并立刻深夜赶到该农场，强烈的复仇之心令这次搜捕异常血腥，搜捕队点燃了整个谷仓，约翰?威尔克斯?布斯受尽折磨后被击毙。
林肯去世后，他的遗体在14个城市供群众凭吊了两个多星期，后被安葬在普林斯菲尔德。
然而对于林肯总统被刺杀这件事情居然还有迷案没有被美国政府给勘探掉，对于凶手也是一个谜？刺杀总统的真凶究竟是什么人?他怎么能在有警卫的情况下溜进包厢?人们对这些问题都希望能有所了解，可直接犯罪嫌疑人已被击毙，只好通过其他途径来了解事实。
一番调查之后，事情终于初现端倪。凶手是一位名叫约翰·韦克斯·布斯的职业演员，据说在内战爆发初期，他是站在北方这边的，但后来不知为什么却突然支持南方政权。他曾不止一次地对人说有朝一日一定要杀死林肯，这样不但一下子除去了这个新执政者，而且干掉林肯会使自己出名。他刺杀总统的原因真的如此简单吗?当然这只是官方的调查结果，官员是这样向民众解释的。但很多人都不相信这种说法，他们认为刺杀总统一案一定是一个阴谋，有不可告人的内情。
林肯在去剧院之前曾有过不祥的预感，而且还对作战部长点名要求要埃克特陆军上校担任自己的警卫，作战部长借口说埃克特上校当晚要执行别的任务而改派他人。事实上，埃克特那晚根本就没有执行什么任务，他在家里呆了一晚上，作战部长为什么要说谎?后来派去顶替埃克特的布莱恩，一向行为不轨，认识他的人对他都没什么好印象，但林肯夫人却亲自点名要他保卫林肯，其中是不是藏着什么玄机?至于对凶手的追捕，抓活口也不是不可能的，可最终却把惟一的直接参与者击毙了，是谁开枪打死他的?又是谁下命令要把凶手杀死的呢?更令人奇怪的是，在后来的凶手缉拿报告中，人们惊奇地发现上面居然写着：凶手系自杀身亡。
一般认为林肯遇刺的原因是他的政策对南方不利，激怒了南方叛党，而且他在南北战争中，成功领导北方打败南方，取得了反对南方分裂运动的胜利。南方叛乱分子对他恨之入骨，必欲除之而后快。
3月4日，林肯准备到华盛顿宣誓就任美国第十六任总统。当他从家乡前往华盛顿时，美国南方联邦所派的特务便计划在路上刺杀他。林肯事先得到风声，从另外一条路来到华盛顿，避免了这次暗杀。林肯就任后，南方叛党开始进行更为频繁的谋杀行动，一心想将林肯置于死地。他们甚至在报纸上刊登了一则广告：我愿意前往华盛顿击毙林肯和西华德，只要邦联政府（即南部邦联，美国南北战争时期，脱离联邦的南方11个州所组成的政府）出资100元作为我的酬劳。有意者请函信箱119号。由于经常发生恐吓事件，林肯周围的人非常担心他的安全问题，他们经常提醒林肯要小心。面对这一切，林肯表现得镇定自若，他用两个大纸袋把恐怖分子寄来的恐吓信都装在里面，并在纸袋外面写了“暗杀”两个大字。虽然他表现得满不在乎，但早已有心理准备。
林肯是一个政治家，在那场关系到国家生死存亡的南北战争中，是他领导美国人民取得了胜利，他给黑奴带来了崭新的生活，却在和平时期的子弹下丧生。
然后等到林肯总统的骨灰已经放进美国公墓里面大概有六十一年的历史沧桑以后，林肯总统的后人儿子罗伯特·托德·林肯离开人世，他去世之前，把父亲的一些私人文件付之一炬。他告诉朋友，他要把那些文件毁掉的原因是这些文件里有内阁成员犯有叛国罪的证据。人们已无法得知他所说的情况是否属实。如果是真的，罗伯特为什么要将这些证据焚毁呢?为什么不向世人公开呢?这成为林肯之死的谜中之谜。
而且自从林肯总统去世以后往后的历届美国总统都会乘坐加长版的林肯车座，而且在美国华盛顿的一面墙上刻下了五位对于美利坚合众国的历史具有重大意义和贡献的总统，第一位就是他们的国父也就是开国元首华盛顿，这是毋庸置疑和实至名归的。第二位就是跟随着他们的国父打江山的托马斯·杰斐逊，他的功绩在于通过路易斯安那购地扩大了美国领土。而且最重要的是他是《独立宣言》的主要创始人，美国的解放就是从独立宣言的发表下开始的，第三位是林肯总统这是没问题的，他解放了黑奴，为美国资产阶级的腾飞奠定了一定的物质基础和人员条件，护卫了美国的统一的。第四位是在冷战时期也是一位抛头露面比较多的美国总统，他的名字叫做德怀特·大卫·艾森豪威尔，虽然可能在他的任期期间发动了仁川登陆和轰炸我国丹东地区的种种恶行，但是成功将军事思维带入国内改革中。他继续实行“新政”和“公平交易”原则，他任职期间美国社会经历了战后安定、繁荣的时期。他是州际高速公路的创建者。紧接着就是在二十世纪三四十年代人尽皆知的富兰克林·德拉诺·罗斯福，他是二战的美国总统，也是一个死在了任期上的总统，他接手了胡佛手底下的美国经济危机，以工代赈解决了很多的社会问题，使得美国市场和股票股市相对稳定，发展军事工业和民生企业，为第二次世界大战做好了准备，不仅使得日本帝国主义被原子弹炸了两颗，还在第二次世界大战中大发战争横财，使得美国的经济进入到了极速扩张的状态，让美利坚合众国真正成为了一个实际意义上的超级大国。
对于第十六任美国总统亚伯拉罕·林肯的去世由美国当地的报纸传到了北京报局，我知道了这个消息以后不免感觉到了惋惜，随后我下发命令全国上下为美利坚合众国第十六任总统林肯披麻戴孝悼念三天三夜，停止上朝沐浴斋戒。而此消息一出，世界惊惶。没想到中国一个带有封建性质的国家会为了一个资本主义国家的总统发丧三日，真乃令人佩服不已，居然是海纳百川，有容乃大，宰相肚里能撑船这种俗语也不是对着大清帝国的圣上可讲的，美利坚合众国政府知道了这一件事情发函过来表示感激。
好了，林肯总统遇刺一章落下了帷幕。
