天国亡于洪秀全。但追溯起来，洪并不是天国的创造者。《李秀成自述》里说：“南王冯云山在家读书，其人才干明白，前六人之中，谋立创国者出南王之谋，前做事者皆南王也。”换言之，“开国者”，冯云山也。冯云山囊空如洗进入紫荆山，三年后，当地信徒已达2000余人。期间，被冯云山终日念叨的“教主”洪秀全，始终神龙见首不见尾。直到金田起事前夕，洪一直都未曾在教众面前露面。李秀成说“谋立创国者出南王之谋，前做事者皆南王也”，实为天国高层共识。长期以来，洪只是一尊宗教偶像。起事后，战争成为太平军日常事务。军事领袖地位上升，宗教领袖地位下降，是必然之事。来自广东的洪秀全和冯云山不得不在领导班子排序上向广西本土实力派杨秀清和萧朝贵们妥协。结果是：教主洪秀全仍居一把手，冯云山则由二把手退居四把手，杨秀清、萧朝贵分别上升为二、三把手。但一把手洪秀全实际上从未掌握实权，杨秀清总揽了军政大权。日后出师北伐，檄文《奉天讨胡檄》上，居然也只用了杨秀清和萧朝贵的名义，见不到洪秀全的名字。换言之，洪只是“虚君”。
但是，洪秀全并不甘心只做“精神领袖”；杨秀清们也不可能让洪真的拥有“精神领袖”的实质号召力。冲突，于是不可避免。
杨秀清与洪秀全之间的意识形态路线斗争:“金田起事之后，冯云山承认了杨秀清搞的天父下凡的把戏——杨在春天以“上帝附体”方式发言，从此取得了天父代言人的地位，平时位次洪秀全，但当“天父附体”时则超越洪秀全，所说的话具有至高无上的权威。杨的把戏同样是实用性的，与宗教无关。实用派、实力派宗教领袖冯云山的过早战死，改变了太平军中教权与军权之间的比重—偶像派宗教领袖洪秀全在失去冯云山的支持之后，面对军事领袖杨秀清和萧朝贵一而再再而三的“天父下凡”把戏，毫无还手之力，发展至极端，杨秀清甚至敢借“天父下凡”当众打洪秀全的屁股。
杨、萧等人实无真的宗教信仰，当年冯云山运动他们入伙，即丝毫不曾提及宗教。因此，太平军内部，在宗教领袖洪秀全和军事领袖杨秀清等人之间出现路线之争，也就成了理所当然的事情。
这一路线之争的明朗化，最早可以追溯到太平军攻克武昌。进入武昌后，杨秀清曾去拜谒了当地的孔庙。这显然会让高呼“打倒孔妖”的宗教领袖洪秀全相当尴尬。由此，也就开启了杨秀清所主导的儒家路线与洪秀全所主导的上帝教路线之争。
这场意识形态路线之争，其实是世俗权力之争的延伸。缺失了军政事务决策权的洪秀全，自起事之后，便只能将精力转注于宗教领域。作为精神领袖，操纵意识形态是洪秀全对付杨秀清最后的杀手锏。故而，他领导下的删书衙，对当时主流文化儒家学说大加挞伐，对其他宗教甚至民间宗教也严厉打击。
洪的这些过激行为，在天国底层民众中造成了思想混乱，其严厉的排他性，更给总理政务的杨秀清，带来了巨大的工作阻力。杨的反弹方式是借“天父附体”斥责洪秀全。5月，洪秀全禁绝儒学焚烧古书刚刚拉开大幕，杨秀清就借“天父附体”传达指示说：“天命之谓性，率性之谓道，以及事父母能竭其力、事君能致其身，此事尚非妖话，未便一概全废。”
天命之谓性，率性之谓道”出自《中庸》，“事父母能竭其力、事君能致其身”出自《论语》。杨秀清认为这些话不是妖言，不宜全部废除，实际上是敲打洪秀全，对其意识形态工作表示不满。
但洪秀全无视了“天父”的旨意，一意孤行，禁绝儒学和焚烧古书的运动愈演愈烈。正月二十七日傍晚，杨秀清“天父附体”传达旨意的语气变得强硬起来，明确指示：“千古英雄不得除，流传全仗笥中书”；“千古流传之书不可毁弃”；“真心忠正的臣僚传述总要留下”。杨秀清显然已经相当愤怒，几个小时后，“天父”再度下凡，勒令洪秀全必须停止他疯狂的意识形态运动。杨的威吓起到了预想中的震慑效果，此后，再未见洪秀全有大规模焚书的记载，而是代之以删改四书五经的妥协政策。
洪秀全策划“天京事变”，血洗了杨秀清和他的东王府势力。这位天国“精神领袖”，终于心满意足地实现了自己梦寐以求的“政教合一”。但正如杨秀清所评价的那样，洪教主的平庸和短视是致命的。
这个时候我们的任务分开了两步，第一步是去劝降江宁城中的洪秀全余党，还有另外一步是去劝降在四川徘徊的石达开将军，把他们招降了，基本上国内大局已然平定了。
